در کنار این موارد، اگر نگاهی به مهم‌ترین چالش‌های این حوزه داشته باشیم، خواهیم دید که: ناهماهنگی بسیار گسترده و مشهود بین برنامه‌های توسعه فناوری، متخصصین دانشگاهی رمز و افتا در بیش از 70 مرکز توسعه فناوری و مراکز آپا در دانشگاه‌های با بیش از 1200 نیروی کارشناس ارشد و دکترا با صنعت دانش‌بنیان و فناور متشکل از 150 شرکت و موسسه با بیش از 3500 نیروی متخصص وجود دارد. ضمن آنکه ناهماهنگی بین مراکز متعدد سیاست‌گذاری افتا اجازه برنامه‌سازی پایدار و بلندمدت برای شرکت‌ها و مراکز توسعه فناوری را در سطح ملی سلب نموده است. همچنین بازار در حال گسترش افتا در کنار ارتباطات ضعیف بازار با صنعت بومی در کنار تداوم واردات محصولات غیرقابل اعتماد خارجی بر مشکلات این صنعت افزوده است. لذا عملکرد کانون دانش، صنعت و بازار افتا می‌تواند راهی برای برون‌رفت از این مشکلات باشد.